โปเกมอนฉบับอะนิเมะรวมถึงภาพยนตร์ดำเนินเนื้อเรื่องโดยแยกออกจากการผจญภัยต่าง ๆ ในวิดีโอเกม (ยกเว้นภาคเยลโล่ว์ ที่ดำเนินเรื่องตามเนื้อเรื่องอะนิเมะ) โปเกมอนฉบับอะนิเมะเป็นเรื่องราวภารกิจอันยิ่งใหญ่ของตัวละครหลัก “ซาโตชิ” หรือ “แอช แคทชัม” (Ash Ketchum) เพื่อจะเป็นโปเกมอนมาสเตอร์ในเรื่องการฝึกโปเกมอน เขาและเพื่อนกลุ่มเล็ก ๆ เดินทางตามโลกที่มีโปเกมอนเต็มไปหมด ในภาคแรก (original series) ในเขตภูมิภาคคันโต เริ่มต้นในวันซาโตชิได้เป็นนักฝึกโปเกมอนวันแรก โปเกมอนตัวแรกซึ่งเป็นโปเกมอนคู่หูคือพิกะจู ซึ่งแตกต่างจากเกมที่จะได้เลือกฟุชิงิดาเนะ ฮิโตะคาเงะ และเซนิกาเมะ ซีรีส์นี้ดำเนินไปตามเนื้อเรื่องของเกมโปเกมอนภาคเร้ดและบลู ในเขตภูมิภาคที่ชื่อว่าคันโต ร่วมเดินทางไปกับ “ทาเคชิ” หรือ “บร็อก” (Brock) หัวหน้ายิมของเมืองนิบิ หรือพิวเตอร์ซิตี (Pewter City) และ “คาสึมิ” น้องสาวคนสุดท้องของกลุ่มพี่น้องหัวหน้ายิมในยิมของเมืองฮานาดะ หรือเซรูเลียนซิตี (Cerulean City) ซีซันต่อมาคือ Pok?mon: Adventures on the Orange Islands ซึ่งเป็นการผจญภัยในหมู่เกาะออเร้นจ์ ซึ่งเป็นสถานที่ที่เป็นเอกลักษณ์ของเรื่อง และเปลี่ยนตัวละครจากทาเคชิเป็น “เค็นจิ” หรือ “เทรซีย์” (Tracey) จิตรกรและผู้ดูแลโปเกมอน ซีซันต่อมา เป็นเนื้อเรื่องของโปเกมอนรุ่นที่สอง ประกอบด้วย Pok?mon: The Johto Journeys, Pok?mon: Johto League Champions และ Pok?mon: Master Quest ดำเนินเรื่องในเขตภูมิภาคโจโต มีตัวละครสามคนคือซาโตชิ ทาเคชิ และคาสึมิ เช่นเดิม